Coopératif, il répondit aux questions du policier mais lorsque l'agent Chase lui demanda de se répéter, des contradictions flagrantes apparurent entre les deux versions. Chase le lui fit remarquer et Gein lui répondit que c’était un coup monté contre lui au sujet de la mort de Bernice Worden... Alors que Chase n’avait même pas mentionné la disparition de la commerçante. Gein fut arrêté sur le champ.

Plus tard, le shérif Schley retourna à la ferme de Edward Gein avec plusieurs de ses adjoints pour perquisitionner son domicile. Ce qu'ils découvrirent allait dépasser les imaginations les plus dérangées et nombre des enquêteurs qui ont franchi le seuil de la sinistre demeure ont été traumatisé par ce qu'ils ont découvert. Beaucoup d'entres eux ont nécessité des soins et un soutien psychologique de longue durée par la suite. 

Poussiéreuse, mais bien rangée, l'intérieur de la ferme des Gein qui ne possédait pas l'électricité était bien sombre car la nuit était tombée. Contrairement au reste des différentes pièces de la maison, les enquêteurs constatèrent que la chambre et de la cuisine étaient, en revanche, un vrai capharnaüm d'objets en tout genre.

Des vêtements sales, des restes d'aliments (suspects), des cartons, des bocaux, des magazines pornographiques, des livres ainsi que des détritus de toute sorte jonchaient le sol. La progression dans les deux pièces était très difficile en raison du manque d'accessibilité et de l'odeur de décomposition, suffocante.