En 1954, il achète son premier appareil photo et prend l'étrange habitude de collectionner certains articles bizarres qu’il trouve dans le journal, comme par exemple “femme amputée de la jambe gauche échangerait chaussures avec femmes amputée de la jambe droite, pointure 38.”.

A dix sept ans, dans une coupure de presse,  il prend connaissance de l'existence d'un rabbin qui clame avoir rencontré Dieu. Il décide d'aller rencontrer cet homme et se retrouve face à un vieillard fatigué et radotant. Déçu, il tente de trouver réponse à ses questions métaphysiques grâce à la photographie. Devenu peintre, son frère Jérôme demande à Joel de photographier des "phénomènes" à la foire de Coney Island pour les inclure dans l'une de ses toiles. Il rencontre dans cette foire de l'étrange un homme à trois jambes, la ''Chicken Lady'' et Alberta-Alberta, un hermaphrodite qui, selon Joel Peter Witkin, a été son premier partenaire sexuel.

De 1957 à 1961, il travaille comme assistant dans un studio professionnel qui photographie des produits pour catalogue. En parallèle, il suit des cours du soir de sculpture à la Cooper Union. En 1961, Joel Peter Witkin s'engage comme photographe dans l’armée américaine. Il est volontaire au Viêt Nam.