Finalement déclaré pénalement responsable de ses actes, il est incarcéré. Malgré une défense basée sur le consentement de sa victime et la notion de suicide assisté, il écope d’une peine de huit ans et demie de prison, le 30 janvier 2004, pour homicide involontaire par le tribunal de Cassel.

Derrière les barreaux, Armin Meiwes admet avoir cannibalisé Bernd Jürgen Brandes et exprime des regrets pour ses actes. Il entreprend de rédiger son autobiographie, soit disant achetée à prix d’or par un important éditeur selon ses dires, dans le but de dissuader tous ceux qui seraient tentés de suivre ses traces. Son récit ne sera jamais publié.

En avril 2005, le Parquet juge sa peine insuffisante et saisit la Cour Fédérale d’Allemagne pour un pourvoi en cassation afin de rejuger Armin Meiwes pour assassinat à caractère sexuel. Le procès débute le 12 janvier et la perpétuité est demandée par l’accusation. L’événement fait grand bruit car il est question de savoir si oui ou non, tuer quelqu’un avec son consentement peut être considéré comme un meurtre. Le 9 mai 2006, le tribunal de grande instance de Francfort condamne Armin Meiwes à la réclusion criminelle à perpétuité.