Le 16 mai 1944, c'est Henry qui décéda dans des circonstances pour le moins étranges: il serait mort en tombant dans un feu de broussailles qu'il avait allumé lui-même et Edward, qui n'était pas parvenu à le retrouver, mena directement les secours à son corps lorsqu'il revint accompagné. Le frère portait des traces bizarres sur le visage, peu en rapport avec une mort par asphyxie.

Néanmoins, malgré les questions que les policiers se posèrent en raison du fait que Henry gisait sur un morceau de terre épargné par les flammes et que son visage présentait des contusions à la tête, le médecin légiste du comté conclu que la cause de la mort était due à ''Une asphyxie due aux fumées de l'incendie".

Un an et demi plus tard, Le 29 décembre 1945, le décès de sa mère lui apparut comme une véritable tragédie. Sa mère mourut après une série d’attaques qui l’avait laissée paralysée, son agonie fut lente et douloureuse. 

Edward Gein était âgé alors 39 ans et toute sa vie entière avait toujours gravité autour d'elle. Sa mère était le centre de son univers. Livré à lui-même pour la première fois de sa vie, il refusa cette mort et tenta tout son possible pour la faire revivre, en commençant par faire des incantations devant sa tombe qui ne produisirent guère de grands résultats. 

Edward Gein resta vivre dans la ferme familiale, désormais sans vie, et vécut grâce aux maigres revenus que ses petits boulots lui rapportaient. Il touchait aussi une aide de l’Etat qui lui offrit une allocation pour qu’il laisse ses terres en jachère, ce à quoi il s'opposa.