En février, la Haute Cour de Tōkyō reconnait que Shōkō Asahara est mentalement capable de faire sa demande d'appel. Le 15 mars, elle confirme la sentence de peine de mort pour Tomomitsu Niimi, figure centrale de la secte qui avait amené le gaz sarin dans le métro. Le 15 septembre, le recours en grâce de Shōkō Asahara se trouve rejeté, puis sa demande d'appel n'est pas prise en compte car déposée hors délai. Le 11 novembre 2008, Shōkō Asahara, toujours en attente de son exécution, demande la révision de son procès. Douze autres anciens membres de la secte d’Aum Shinrikyō ont été condamnés à mort. Le 13 décembre 2011, la peine de mort est confirmée pour Seiichi Endo, treizième membre à voir sa peine capitale confirmée.

Le 31 décembre 2011, Makoto Hirata, ancien adepte en fuite depuis seize ans, se rend à la police. Il était l'un des trois derniers membres encore recherchés par la police. Le 3 juin 2012, Naoko Kikuchi est arrêté par la police à Sagamihara, dans la préfecture de Kanagawa. Le 15 juin 2012, Katsuya Takahashi, cadre de la cellule de renseignement, est le dernier membre important de la secte encore en fuite. Il est interpellé dans un manga café de Kamata, cité de la conurbation tokyoïte. Une prime de plusieurs millions de yens (dizaines de milliers d'euros) était offerte à toute personne donnant des informations qui conduiraient à leur arrestation. Cette dernière arrestation repousse à nouveau l'exécution de Shōkō Asahara (la loi japonaise interdisant de mettre en œuvre une exécution si des complices sont toujours en procès). À cette époque, des procédures judiciaires ont été engagées contre 189 membres d'Aum Shinrikyō, et 13 ont été condamnés à mort.